Профессиональная деятельность Юрия Григорьевича Молокова тесно связана с Новосибирским институтом повышения квалификации и переподготовки работников образования. В 1982 году после успешного руководства работой школы, службы в армии и создания одного из лучших в стране учебно-производственных комбинатов в Центральном районе Новосибирска он был назначен директором Новосибирского института усовершенствования учителей.
Входная и итоговая диагностика профессиональных дефицитов работников образования, связь школы и академической науки, развитие системы методической работы в муниципалитетах — эти и другие инициативы Юрия Григорьевича актуальны и востребованы до настоящего времени.
Ю.Г. Молоков инициировал, организовал и методологически поддерживал научные исследования сибирских ученых в области информатизации образования.