Первая школа в Багане открылась в 1924 году. Это была маленькая начальная школа, которая располагалась на территории сегодняшнего спортивного комплекса. Первой учительницей в ней стала дочь местного лекаря Гаврилкова Ольга Ивановна, сама имевшая образование 5 классов. Школьных письменных принадлежностей тогда не хватало, и часто ученики писали на оберточной бумаге.
В 1936 году школу преобразовали в семилетнюю, и только в 1944 году была открыта средняя школа. Первым директором стала Аверина Клавдия Михайловна. Школа была одноэтажная, приземистая, сделанная из самана (мелко истертая солома). Но в то время лучшую построить было просто невозможно, потому что в стране шла война. В 1951 году всем селом и всего за одно лето построили здание камышитовой школы на 9 классных кабинетов. Начальные классы размещались в различных пристройках, находящихся на школьном дворе. Около здания школы был построен спортивный зал, довольно примитивный по нынешним меркам, а тогда он всем казался большим, светлым и красивым. Спортзал пристроили к левому торцу школы. Он был высокий, и чтобы находился под одной крышей со школой, наполовину уходил в землю. Ученики носилками выносили землю с места постройки будущего спортзала, а затем её же использовали при обмазке стен. Ребята сами провели в школу водопровод с улицы Жданова (нынешняя Учительская).
В 1952 году началось строительство двухэтажного здания средней школы на 9 учебных кабинетов. В 1953 году в нём уже проходили занятия, но полностью здание в эксплуатацию было сдано только зимой 1955 года. Директором школы была назначена Тарасова Раиса Архиповна. Центрального отопления тогда в школе не было, в каждом классе стояли большие, обшитые жестью печи, которые топили с раннего утра до позднего вечера. Через несколько лет печное отопление было заменено на паровое. Отапливалась школа собственной кочегаркой. В старом камышитовом здании располагалась начальная школа. Ученики начальных классов мечтали поскорее перейти учиться в красивое двухэтажное здание. На территории нынешнего стадиона старшеклассники построили небольшой крольчатник. Они же и руководили практикой учеников 5-7-х классов, которые кормили кроликов, чистили клетки, вели наблюдения за ростом крольчат. Корм для них выращивали ребята, проходившие практику на пришкольном огороде.
В 1958-1959 году учениками был заложен яблоневый сад. Выпускники посадили памятную тополевую аллею. На территории школы ученики своими руками построили теплицу из кирпича и выращивали овощи. В 1959 году в школе было открыто производственное обучение. Профессиональная подготовка учащихся была организована по следующим направлениям: механизаторы широкого профиля, строители – штукатуры, плотники, столяры и мастера швейного дела. Производственную практику по избранным профессиям ученики проходили в Баганской РТС и промкомбинате.
В сентябре 1971 года построили в райцентре новую среднюю школу, а первая школа села Багана стала неполной средней. Территория школы постепенно расширялась. В 70-е годы была построена мастерская, к коридору первого этажа была пристроена столовая.
В 1988 году произошло значительное событие в истории школы – она пополнилась новым двухэтажным зданием, где расположилась начальная школа.
В мае 1993 года Баганскую неполную среднюю школу реорганизуют в Баганскую среднюю школу №2.
К 50-летию школе был сделан подарок – принято решение о капитальном ремонте и школа преобразилась: заменили окна, полы, покрасили фасад.
Значительная реконструкция прошла в 2009 году. Было закончено строительство пристройки к основному зданию школы. В новом здании разместились спортивный зал, столовая, медицинский кабинет, кабинеты трудового обучения. Кабинеты были оборудованы новой мебелью, современными техническими средствами обучения, столовая – новым оборудованием и посудой. Изменился и внешний вид школы: перекрыли крыши, облицевали фасад сайдингом, поставили новый забор, благоустроили школьную площадку.
В 2015 году школе было присвоено звание Героя Советского Союза А.Г. Матвиенко.
Новый этап развития системы образования России до 2024 года определил один из самых масштабных национальных проектов нашей страны – «Образование», что дает возможность детям получать качественное общее образование в условиях, отвечающих современным требованиям, независимо от места проживания ребенка.
Улучшение условий образовательного процесса связано и с обновлением материально-технической базы школы. На сегодняшний день в школе 45 единиц компьютерного оборудования, все кабинеты обеспечены мультимедийными проектами, в 4 кабинетах установлены интерактивные доски, все учителя имеют выход в интернет.
За свою историю образовательное учреждение прошло большой путь и достигло определённых успехов в своём развитии, в разумном сочетании и сохранении лучших традиций с поиском и внедрением эффективных форм и методов обучения и воспитания в новых социально-экономических условиях.
